本实用新型公开了一种多规格多牌号件烟入库自动分拣系统，包括主输送装置，还包括中央处理器、支分拣输送装置和回流输送装置，主输送装置的起始端设置有第一件烟扫描仪，主输送装置的一侧设置有若干支分拣输送装置，每个支分拣输送装置与主输送装置的连接处均设置有一个导向机构，回流输送装置的两端分别与主输送装置的两端连接，回流输送装置上连接有人工上烟输送装置和件烟剔除输送装置，中央处理器与主输送装置、第一件烟扫描仪、支分拣输送装置、回流输送装置、人工上烟输送装置、件烟剔除输送装置以及导向机构电性连接。本实用新型能够实现对件烟的自动分拣，极大地提高了分拣效率，降低了人力、物力成本的投入。